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  • Sélectionner l’activité Course Description

    MSC1090 Introduction to Computational Biostatistics with R (Fall 2022)

    The goal of this course is to prepare graduate students to perform scientific data analysis using the R programming language.  Successful students will learn how to use statistical inference and machine-learning tools to gain insight into data sets, as well as be introduced to techniques and best practises for storing, managing and analyzing data.  Topics will include: R programming, version control, modular programming, coding best practices, data analysis, machine learning and scientific visualization.
    

    Classes will be held Tuesdays and Thursdays, 9:00-10:30am, in GB244 and BL205, respectively.

    Students willing to take the course as part of their graduate program must enrol through Acorn.  This course is part of the IMS graduate program.

    Teachers: Alexey Fedoseev, Erik Spence

    Start date: 13 Sep. 2022

    End date: 29 Nov. 2022

    Scientific Computing Credits: 8

    Data Science Credits: 28

    Events:

    MSC1090: Lecture 1 - Tuesday, 13 September, 9:00 AM » 10:30 AM

    MSC1090: Lecture 2 - Thursday, 15 September, 10:20 AM » 11:50 AM

    MSC1090: Lecture 3 - Tuesday, 20 September, 9:00 AM » 10:30 AM

    A full list of course events can be found here.
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  Lectures

  
  The lecture slides below are licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.

  • Sélectionner l’activité 1. Introduction to Linux Shell I

    

    1. Introduction to Linux Shell I Fichier
  • Sélectionner l’activité 2. Introduction to Linux Shell II

    

    2. Introduction to Linux Shell II Fichier
  • Sélectionner l’activité 3. Introduction to R

    

    3. Introduction to R Fichier
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    4. Vectors and data frames Fichier
  • Sélectionner l’activité 5. Lists, loops and conditional statements in R

    

    5. Lists, loops and conditional statements in R Fichier
  • Sélectionner l’activité 6. Functions in R

    

    6. Functions in R Fichier
  • Sélectionner l’activité 7. Scripts

    

    7. Scripts Fichier
  • Sélectionner l’activité 8. Version Control System - Git

    

    8. Version Control System - Git Fichier
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    9. Coding Best Practices Fichier
  • Sélectionner l’activité 10. Distributions

    

    10. Distributions Fichier
  • Sélectionner l’activité 11. Hypothesis tests

    

    11. Hypothesis tests Fichier
  • Sélectionner l’activité 12. ANOVA

    

    12. ANOVA Fichier
  • Sélectionner l’activité 13. Linear Models

    

    13. Linear Models Fichier
  • Sélectionner l’activité 14. Generalized linear models

    

    14. Generalized linear models Fichier
  • Sélectionner l’activité 15. Resampling

    

    15. Resampling Fichier
  • Sélectionner l’activité 16. Classification I

    

    16. Classification I Fichier
  • Sélectionner l’activité 17. Classification II

    

    17. Classification II Fichier
  • Sélectionner l’activité 18. Unsupervised learning

    

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  • Sélectionner l’activité 19. Neural networks

    

    19. Neural networks Fichier
  • Sélectionner l’activité 20. Visualization

    

    20. Visualization Fichier
  • Sélectionner l’activité 21. Ensemble methods

    

    21. Ensemble methods Fichier
  • Sélectionner l’activité 22. File I/O

    

    22. File I/O Fichier
  • Sélectionner l’activité 23. Parallel Computing in R

    

    23. Parallel Computing in R Fichier
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    24. High-Performance Computing in R Fichier
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  Recordings

  
  The recordings below are licensed under a Creative Commons Attribution-NoDerivatives 4.0 International License.

  • Sélectionner l’activité 1. Introduction to Linux Shell I

    

    1. Introduction to Linux Shell I Fichier
  • Sélectionner l’activité 2. Introduction to Linux Shell II

    

    2. Introduction to Linux Shell II Fichier
  • Sélectionner l’activité 3. Introduction to R

    

    3. Introduction to R Fichier
  • Sélectionner l’activité 4. Vectors and data frames

    

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  • Sélectionner l’activité 5. Loops and conditionals in R

    

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  • Sélectionner l’activité 8. Version control

    

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• Sélectionner la section Assignments

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  Assignments

  • Sélectionner l’activité Assignment 1

    

    Assignment 1 Devoir

    Ouvert le : jeudi 15 septembre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 22 septembre 2022, 23:59
  • Sélectionner l’activité Assignment 2

    

    Assignment 2 Devoir

    Ouvert le : jeudi 22 septembre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 29 septembre 2022, 23:59
  • Sélectionner l’activité Assignment 3

    

    Assignment 3 Devoir

    Ouvert le : jeudi 29 septembre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 6 octobre 2022, 23:59
  • Sélectionner l’activité Assignment 4

    

    Assignment 4 Devoir

    Ouvert le : jeudi 6 octobre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 13 octobre 2022, 23:59
  • Sélectionner l’activité Assignment 5

    

    Assignment 5 Devoir

    Ouvert le : jeudi 13 octobre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 27 octobre 2022, 23:59
  • Sélectionner l’activité Assignment 6

    

    Assignment 6 Devoir

    Ouvert le : jeudi 27 octobre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 3 novembre 2022, 23:59
  • Sélectionner l’activité Assignment 7

    

    Assignment 7 Devoir

    Ouvert le : jeudi 3 novembre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 10 novembre 2022, 23:59
  • Sélectionner l’activité Assignment 8

    

    Assignment 8 Devoir

    Ouvert le : jeudi 10 novembre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 17 novembre 2022, 23:59
  • Sélectionner l’activité Assignment 9

    

    Assignment 9 Devoir

    Ouvert le : jeudi 17 novembre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 24 novembre 2022, 23:59
  • Sélectionner l’activité Assignment 10

    

    Assignment 10 Devoir

    Ouvert le : jeudi 24 novembre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 1 décembre 2022, 23:59
  • Sélectionner l’activité Assignment 11 - Make-up

    

    Assignment 11 - Make-up Devoir

    Ouvert le : jeudi 1 décembre 2022, 10:00

    À rendre : jeudi 8 décembre 2022, 23:59